Программа  «Protein 3D» позволяет показывать варианты конформации анализируемых структур.

 

Исследуемые структуры, в частности белки, даже в кристаллическом состоянии обладают некоторой подвижностью своих частей. Это проявляется в том, что для отдельных атомов или групп атомов обнаруживается несколько вариантов их положения в пространстве. Программа Protein 3D позволяет показать  все возможные варианты, команды для которых отражены в иконке Variants (рис. 31).

 

Обычные установки команд: Show all – показать все варианты или Load only first variant  - загружать только первый вариант (отмечены красными кружками). Команды в этой иконке выполняются только по одной.

Связи атомов, обладающие подвижностью, показываются на форме представления Atoms and Bonds голубым цветом, а сами атомы на установках рендеринга Atoms and Bonds, Atoms 1 и Atoms 2 – полупрозрачными (Glass style).

 

Сказанное иллюстрируют рисунки конформаций боковой цепи Ile 191 (рис. 32, а - г), полученные на белке 2QMB. Как видно на этих рисунках, связи между атомами (форма представления Atoms and Bonds) голубого цвета, а сами атомы – полупрозрачные.

 

На рисунке 32,а показан вид Ile 191 для команды Show all.  Видно, что одни и те же атомы (C_g1 и C_d1) могут занимать по два положения. Перевод метки в положение команды 1-st variant показывает первый вариант (рис. 32,б), в положение команды 2-nd variant – второй вариант (рис. 32,в). Третий вариант, как видно на рисунке 32,г, отсутствует  (атомов нет).

Следующая иконка – CIHBS, посвящена командам, используемым при анализе ССИВС в биоструктурах.

 

 

 

Адреса для связи:  genetic-code@yandex.ru  (руководитель проекта),

                                      amino-acids-20@yandex.ru  (программист)

 

Желающих СКАЧАТь программу  приглашаем перейти

На главную страницу