|
|
ВИЗУАЛИЗАТОР НАДМОЛЕКУЛЯРНЫХ
БИОСТРУКТУР «Protein 3D» |
|
Описание |
Программа «Protein 3D» позволяет проводить анализ положения различных
типов вторичной структуры и различных групп боковых цепей аминокислот в белках.
В
иконке Select имеется три группы команд (см. рис. 29): 1 - команды, связанные с выделением типа структуры;
2- команды, выделяющие отдельные группы боковых цепей белка и 3 – команды,
выделяющие различные субъединицы. Для каждого типа структуры или группы
аминокислот команды могут выполняться только по отдельности. Другие варианты
при этом исключаются.
|
|
Серые шары - невыделенные элементы Альфа-спираль Бета-слой Неструктурные Цвет
боковых цепей Щелочные (Lys, Arg) темно синие Кислотные
(Asp, Glu) розовые Нейтральные
(Asn, Gln) зеленные Слабополярные (Ser, Thr) оранжевые Неполячрные (Gly, Val, Leu, Ile, Ala) серые Сульфидные группы и Дисульфидные связи желтые Циклические (Pro, His, Trp,
Phe, Tyr)
голубые Субъединица 1 Субъединица 2 Субъединица 3 Субъединица 4 Субъединица 5 Субъединица 6 Субъединица 7 Субъединица 8 и более Все субъединицы
Ctrl+A |
|
Рис. 29. Команды, представленные на
иконке Select. |
|
Show gray
balls for
non-selected (Невыделенные
элементы показывать в виде серых шаров)
Эта предварительная команда
является предустановленной (выставлен красный кружок или галочка) и выполняется
при выполнении любой последующей команды.
1.
Команды,
связанные с выделением типа структуры
Helix (спиральные участки).
Использование этой команды на
установке View
приводит к выделению
спиральных участков в виде шаров различного цвета.
Sheet (слоевые участки).
Эти участки выделяются на
установке Sheet аналогичным
образом.
Unstructured (неструктурные участки).
Принципы выделения аналогичны двум
предыдущим.
2. Команды,
выделяющие отдельные группы боковых цепей белка
Выделение
боковых цепей аминокислот осуществляется в соответствии с подразделением
боковых цепей на группы (см. Вид
структуры,
Раскраска,
определяемая свойствами боковых цепей - Properties defined color). Эта же раскраска приведена на рис.
29.
Команды,
заданные в предыдущих иконках, при использовании команд 1 и 2 группы,
полностью сохраняются, что наглядно
показано на рисунках 30,а - 30, г.
Например,
если на иконке Rendering выставить команду Atoms 1,
на иконке View
– Atom defined
color, а на иконке Select
– команду Helix,
то фрагмент белка 3B50
примет вид, представленный на рисунке 30,а.
Кроме спирального участка все остальные атомы оказаны темно-серым
цветом. Если же вместо этого в иконке View отметить Properties-defined color, а в
иконке Select
- команду Сyclic,
то выделяются только циклические боковые цепи (голубым
цветом, рис. 30, б).
Если же
в иконке View
выставить команду Structure-defined color, то на
фрагменте с командой Helix (рис. 31,а) дополнительно будут
окрашены альфа-спиральные, бета-структурные и
неупорядоченные участки (как на бумажных моделях), но выделены будут только
альфа спиральные (рис. 30,в) В то же время, если вместо команды Helix
в иконке Select
выставить Сyclic, то структура приобретает еще один вид (рис. 30, г), когда на
различным образом окрашенных типах структуры
выделяются боковые цепи циклических аминокислот.
|
|
|
|
|
|
|
Рис. 30. Варианты команд с иконки Select в
сочетании, соответственно, с командами иконок Render и View, показанные на фрагменте белка 3B50. а – команда Helix в сочетании с командами Atoms 1 и Atom defined color; б – команда Сyclic в сочетании с командами Atoms 1 и Properties defined color; в – команда Helix в сочетании с командами Atoms 1 и Structure-defined color; г – команда Сyclic в сочетании с командами Atoms 1 и Structure-defined color. |
|
Третья
группа команд позволяет выставлять различное число субъединиц белка, для которых
нужно проводить команды предыдущих групп (Субъединица 1, Субъединица 2 и т.д.)
Следующая иконка, Variants, позволяет
анализировать варианты конформаций, принимаемые
отдельными атомами или группами в структуре.
Адреса для
связи: genetic-code@yandex.ru
(руководитель проекта),
amino-acids-20@yandex.ru (программист)
Желающих СКАЧАТь программу приглашаем перейти