Программа «Protein 3D» может:  - читать дополнительную информацию, содержащуюся в pdb-файлах (рис. 7 и 8);

                                                             - представлять информацию о расстояниях между атомами анализируемых структур

                                                               (в основном белков) в виде двумерных цветовых диаграмм (рис. 9 и 10);

                                                             - анализировать поверхностную топологию визуализированных структур (рис. 11);

                                                   - предсказывать положение альфа-спиральных и бета-структурных участков белков (рис. 12).

В иконке Info находятся команды информационного содержания (рис.7).

 

 

Вывод сведений об анализируемом белке

Команда Remarks открывает рамку в информацией о белке, помещенной в начальной части pdb-файла. На рисунках 8,а и 8,б показана содержание двух закладок рамки Remarks.

 

 

Вывод цветной диаграммы расстояний в белке

Команда Color Dist Field открывает диаграмму расстояний между атомами в исследуемом белке (рис. 9). 

 

 

Внизу под диаграммой показаны условные обозначения расстояний в ангстремах: красный цвет – 0-5 А,  желтый – 5 -10 А, зеленый – 10-15 и т.д. Слева от диаграммы предусмотрена возможность ввода начальной и конечной аминокислоты (вводятся их порядковые номера), между атомами которых нужно определить расстояние. Кликом курсора выделяются атомы этих аминокислот, между которыми нужно определить расстояние, а результат выводится внизу на этом же поле.

 

Вывод информации о расположении альфа-спиральных и бета-структурных участков в белке

Команда Structure List выводит информацию о положении того или иного типа структуры (альфа-спираль, бета-структура)  в исследованном белке  и визуализирует выделенный рамке фрагмент на рабочем поле (рис.10).

 

 

Вывод названий аминокислот

Команда Names кроме иконки Info находится также на планке слева от рабочего поля. При ее выполнении выводятся названия аминокислот в белке.

 

Вывод масштаба изображения белка

Команда Scales реализуется на рабочем поле программы. Расположение и вид масштаба изображения белка показаны в разделе 4.1 на рисунке 3,б.

 

Показ поверхностной топологии белка

Команды Surface Topology и  Colored Surface выводит информацию о фрагменте поверхности исследованной структуры белка – без выделения цветом атомов (рис. 11,а) и с цветовым выделением атомов (рис. 11,б).

 

 

Показ времени рендеринга

Команда Show render time визуально никак не проявляется. Может быть я не знаю, где идут эти показания?

 

Показ использования памяти.

Как и предыдущая команда, не видно, где отражается команда Show memory usage. НУЖНА ЛИ ЭТА КОМАНДА?

 

Экспертная система предсказания вторичной структуры белка

Команда Structure Prediction Expert  выводит рамку, содержащая экспертную систему по оценке структуры белка (рис. 12). Она содержит информацию об относительном содержании различных типов структур (Protein Statistics) в анализируемом белке.

 

 

Относительно работы с экспертной системой предсказания вторичной структуры неизвестного белка (Prediction Statistics), то для нее планируется написание отдельной инструкции.

:

 

Адреса для связи:  genetic-code@yandex.ru  (руководитель проекта),

                                      amino-acids-20@yandex.ru  (программист)

 

Желающих СКАЧАТь программу  приглашаем перейти

На главную страницу