Общий вид программы

 

 

 

ВИЗУАЛИЗАТОР НАДМОЛЕКУЛЯРНЫХ БИОСТРУКТУР

«Protein 3D»

 

 

Назначение

Пользователи

Возможности

Описание

Применение

 

Общий вид программы

Иконки

 

Программа «Protein 3D» может осуществлять преобразования визуализированных структур (рис.2 и 3).

 

Как показано на рисунке 1, общий вид программы “Protein 3D” представляет собой рабочее поле с расположенными на нем управляющими элементами.

 

  

Рис. 1. Общий вид программы «Protein 3D».

В первой сверху строке помещена информация о правообладателе и четырехзначный код открытого pdb-файла, а также обычные знаки по открытию и закрытию файла (справа):

 

 

 

Во второй сверху строке расположены названия иконок, при открытии которых осуществляется работа по преобразованию pdb-файла;  всего таких иконок 9, каждая из которых будет детально рассмотрена в разделе Иконки.

 

 

С левой стороны от рабочего поля находятся основные управляющие узлы (рис.2, а - в), работа с которыми проводится с помощью мыши.

  

 а

 

- узел, в котором с помощью мыши осуществляется увеличение и уменьшение объекта, а также его вращение в любом направлении;

 

 

 

на цифровом узле клавиатуры:

 

+ увеличить изображение;

- уменьшить изображение;

 

Стрелки – повороты в различных  направления

 

 

  б

 

 

первый (first)

 

 

последний (last)

 

 

анализируемый (selected)

 

 

 

 

- узел ввода номеров звеньев изучаемого объекта

на цифровом узле клавиатуры:

 

- изменение длины цепи объекта в начале цепи:

Home – укорочение от начала к концу;

End – удлинение от конца к началу;

 

- изменение длины цепи объекта в конце цепи:

PgUp – удлинение от начала цепи к концу;

PgDn – укорочение цепи от конца к началу

 

  в

 

 

 

 - только основная цепь;

- атомы водорода;

- названия звеньев

- вывод кофактора;

- цвет рабочего поля;

- обозначение звена;

-деактивация ССИВС

 

- работа с клавиатурой

 

 

 

 

 

- узел управления некоторыми функциями

 

 

 

 

- все приведенные функции дублируются в соответствующих разделах на иконках

Рис. 2. Основные управляющие элементы программы

 Рабочее поле программы «Protein 3D» показано на рисунках 3,а и 3,б.

  а

 

 

 

 

 

 

- изображение объекта, представленное в тои или иной форме рендеринга;

 

- наведение курсора мыши на объект позволяет его вращать в любом направлении

 б

 

- выводится слева вверху на рабочем поле

Рис. 3. Рабочее поле программы «Protein 3D».

а - пример визуализированного объекта (например, белка);

б – масштаб изображаемого объекта в нм.

 В предпоследней нижней строке проводится визуализация процессов расчета структур (выделено зеленым цветом) .

 

Ниже, в последней строка  приведена информация о числе атомов в структуре, выделенном мономере и названии звена а также о выделенной курсором  группировке на изучаемом объекте

 С содержанием иконок, в которых записаны команды, реализуемые программой, можно ознакомиться в разделе Иконки.

 

Адреса для связи:  genetic-code@yandex.ru  (руководитель проекта),

                                      amino-acids-20@yandex.ru  (программист)

 

Желающих СКАЧАТь программу  приглашаем перейти

На главную страницу