Функциональные возможности

 

 

 

ВИЗУАЛИЗАТОР НАДМОЛЕКУЛЯРНЫХ БИОСТРУКТУР

«Protein 3D»

 

 

Назначение

Пользователи

Возможности

Описание

Применение

 

Программа “Protein 3D” может производить с pdb-файлами разнообразные действия:

 

общего характера 

                                                          

Программа может осуществлять:

 

специального назначения

 

Программа позволяет:

- открывание pdb-файлов;

 

- вывод на рабочее поле различного числа субъединиц, содержащихся в структуре;

 

- визуализацию структур на рабочем поле в виде различных форм представления (рендеринга);

 

- преобразования визуализированных структур: вращение в любом направлении, приближение-отдаление, выделение отдельных фрагментов, их удлинение и укорочение;

 

- анализ структур на основе различных свойств (ход основной цепи белка, положение субъединиц, положение кислотных и основных групп, распределение дисульфидных связей и т.д.).

 

- чтение дополнительной информации об анализируемых структурах, записанную в pdb-файлах;

 

- представление структуры кристаллов с расположенными в них макромолекулами  (на основе данных, приведенных в pdb-файлах);

 

- сохранение изображения визуализированных структур в виде принт-файлов  в формате .bmp или проводить их непосредственную распечатку.

 

- представление информации о структуре ССИВС в виде файлов, описывающих в двумерном виде информацию обо всех Н-связях внутри структур;

 

- представлять информацию о расстояниях между атомами анализируемых структур (в основном белков виде двумерных цветовых диаграмм;

 

- анализировать поверхностную топологию визуализированных структур;

 

-  проводить анализ расположения типов вторичной структуры и боковых цепей аминокислот в белках;

 

- показывать варианты конформации анализируемых структур;

 

- трассировать системы сопряженных ионно-водородных связей (ССИВС), прослеживать ход ССИВС как в пределах одной субъединицы, так и олигомерных структурах в целом;

 

-  проводить анализ взаимосвязи кофакторов с ферментами;

                             

-  выделять различные типы Н-связей внутри белковых структур и представлять полученную информацию в виде файлов;

 

-  предсказывать положение альфа-спиральных и бета-структурных участков белков с неизвестной вторичной структурой с помощью встроенной мини-программы

 

Общий вид программы и расположение на ней управляющих элементов показаны в разделе Описание.

 

Адреса для связи:  genetic-code@yandex.ru  (руководитель проекта),

                                      amino-acids-20@yandex.ru  (программист)

 

Желающих СКАЧАТь программу  приглашаем перейти

На главную страницу